Vilamalla forma part de la comarca de l'Alt Empordà, província de Girona.

El terme municipal té una extensió de 9 km2 i 45 m. d'altitud.

Els límits del terme municipal són al nord amb El Far d'Empordà, a l'est amb Riumors i Siurana, al sud amb Siurana i Garrigàs i a l'oest amb Santa Llogaia d'Àlguema. Té agregats els nuclis de les Afores, el Polígon Pont del Príncep i el Polígon Empordà Internacional.