El terme de Serinyà està situat al nord de la comarca del Pla de l'Estany, just al límit amb la comarca de la Garrotxa, a la vall baixa del riu Ser i la seva confluència amb el Fluvià. En aquest lloc hi ha la resclosa de Serinyà i una central elèctrica en explotació des de 1935.

El terme és travessat de nord a sud per la carretera comarcal C-150 de Girona a Olot.
 

El límit oriental amb Esponellà coincideix amb l'antic camí veïnal de Banyoles a Dosquers. El meridional toca en un punt el rec d'Espolla (que actua com a desguaç de l'estany intermitent o platja d'Espolla) i més a occident, els cursos del Merdançà i el rec de Guixeres, afluent de l'anterior, separen el terme del veïnat de Merlant, (municipi de Porqueres). El límit arriba fins al collet de Guixeres, d'on tomba amunt pel cim dels Tres Termes de Boquià, punt més alt d'aquest serrat que separa el municipi del de Sant Miquel de Campmajor.

Seguint cap al nord, després de travessar el Ser, el límit arriba a la serra de Briolf, proper al puig de la Creu Blanca. D'ací el límit septentrional amb Sant Ferriol, al S de la riba dreta del Fluvià, passa més enllà de can Fumerola i les Planetes, encara dins del terme; aquest mateix riu el separa de Dosquers a l'angle NE del terme.

Entre els veïnats agregats, citem: Casals, Bosquerós, Baió, Cellera d'Amont i els masos de can Parella (on hi hagué el castell de Taià), ca n'Illa, ca n'Aulina, cal Ferrer de les Torres, can Malloles i ca n'Arboçar fora del nucli de població, i can Carreres situat al mig del poble.