El municpi de Sant Joan de Mollet ocupa una superfície de 3,28 Km2 a la comarca del Gironès, i pertany al partit judicial de Girona. Aquest petit municipi limita al nord amb el Ter, i al sud amb Sant Martí Vell, mentre que a l'est confronta amb el poble de Flaçà, amb el qual avui dia pràcticament està unit, i a l'oest amb Bordils.
El terme municipal és en general pla, tot i que el poble s'ha aixecat en un turonet a 54 m d'altitud sobre el mar. El poble va nèixer al voltant de l'església, a la part més encimbellada del terme, però a la part nova s'ha anat aixecant entorn de la carretera antiga.
L'enlairada situació del poble fa que tot sovint Mollet senti la presència dels vents del nord, que fan que el seu clima sigui fred a l'hivern, però suau i temperat la resta de l'any.