De les primeres ocupacions per part de l'home n'hi han diversos vestigis en el terme de Rupià, al puig Montori s'han localitzat materials d'un poblat indígena, freqüentat fins el segle I d. C., i a s'han trobat abundants restes d'època romana.

En documents de l'any 1128 ja s'hi anomena a en Guerau de Rupià, del llinatge que posseí el domini feudal del lloc. I l'any 1139 és documentat el lloc de Rupià amb el nom de: RUPINIANUM.

A la fi del segle XV fou emmurallat el poble.

En el segle XVII existia la batllia episcopal de Rupià que estava formada pels tres pobles que es trobaven dins els terme del castell de Rupià: Rupià, Parlavà i Ultramort.