Pontós forma part de la comarca de l'Alt Empordà, província de Girona.

El terme municipal té una extensió de 13,54 km2 i 94 m. d'altitud.

Els límits del terme municipal són al nord amb Ordis i Borrassà, a l'est amb Garrigàs, al sud amb Bàscara i Vilademuls i a l'oest amb Navata. Té agregat el nucli de Romanyà d'Empordà.