Pont de Molins forma part de la comarca de l¿alt Empordà, província de Girona. El terme municipal de té una extensió de 9 km2 i 36 m. d'altitud.

Els límits del terme municipal són al nord amb Biure i Masarac, a l'est amb Cabanes, al sud amb Llers i a l'oest amb Boadella d'Empordà.