Aquest municipi pren el nom dels dos agrupaments de població que en formen part: Pedret, a llevant, és un lloc de poblament dispers i Marzà, a un kilòmetre de distància, és un nucli de poblament agrupat i la capital administrativa. Es va segregar de Vilanova de la Muga l'any 1933, al qual havia pertangut des de l'any 1846.
 

Té una superfície de 8,15 Km2 i s´estén pel sector septentrional de la plana de l´Alt Empordà, en la conca de la Muga. És totalment pla, només amb alguns afloraments rocossos que formen ondulació o minúsculs tossals. Al nord-est del poble de Marzà aflora un mantell basàltic.

El tren de Barcelona a França travessa el sector occidental d´aquest terme, passant a pocs metres de Marzà, on no hi ha, però, baixador ni cap servei ferroviari. Aquest poble es comunica per un camí veïnal amb l´estació més pròxima, que és la de Vilajuïga. Una carretera local asfaltada porta de Pedret a Pau (3 Km) i a la carretera de Roses a Vilajuïga. Camins veïnals menen a Vilanova de Muga i a Castelló d´Empúries.

El territori de Petreto és esmentat l´any 953 com un dels límits orientals de l´estany de Castelló, en un precepte del rei Lluís d´Ultramar que confirma els drets de pesca que el monestir de Sant Pere de Rodes hi tenia, així com la propietat de les illes, Volvagro, Foniliaria i Sararto, la localització de les quals és difícil de precisar avui dia.

El poble de Pedret té un nucli principal format per l´església, amb l´antiga rectoria avui desabitada, el cementiri i tres masies a les proximitats, a la dreta de la riera de Pedret. Aquests habitatges són construccions més aviat modestes dels segles XVII al XIX.

El poble de Marzà és emplaçat en un pujol de 22 m d´altitud. És l´únic nucli de població agrupada i , de fet, el cap del municipi, on hi ha la Casa de la Vila i hi havia hagut les escoles abans que fossin tancades. Les cases amb moltes reformes modernes, formen carrerons curts i una plaça, entre alguns vestigis del castell medieval.