El terme municipal de Jafre és situat a la comarca del Baix Empordà, a la banda esquerra del riu Ter, i limita al nord amb el municipi de Garrigoles, a l'est amb Verges, al sud, mitjançant el riu, amb Foixà, i a l'oest amb Colomers.

D'una extensió de 6,7 km², el nucli urbà és emplaçat dalt d'una carena i s'estén fins a la carretera GI-634 tot ocupant una sequència de petites terrasses. El paisatge manté un cert equilibri entre les terres de conreu que s'estenen cap al Ter i les zones boscoses poblades de pins i, en menys nombre, d'alzines i roures. Tanmateix, als indrets propers al riu com l'Illa d'Amunt i l'Illa d'Avall hi abunden els arbres de ribera.