Els vestigis més antics que es coneixen de Flaçà corresponen a unes troballes arqueològiques que es localitzaren prop de l'actual fàbrica de paper Aconda. Durant la seva construcció, antigament Fàbrica Torras Domènech, es van localitzar diferents fragments de ceràmica romana dels segles II i I a.de C. que actualment es conserven al Servei d'Arqueologia de Girona. Només es van trobar fragments de ceràmica i en canvi no es va trobar cap estructura que fes pensar en un veritable assentament romà. No seria estrany que existissin més hàbitats d'aquesta època però possiblement es deuen trobar en les petites elevacions muntanyoses que envolten el municipi, ja que la plana, on hi ha els camps de conreu i el nucli antic de Flaçà, devia quedar inundada per les constants vingudes d'aigua del riu Ter que es produïen a causa de la falta dels pantans de Sau, Susqueda i Pasteral. Aquest fet queda constatat per les restes arqueològiques d'època romana republicana trobades al veí terme de Sant Joan de Mollet i per una vil·la romana localitzada al municipi de Sant Jordi, prop de veïnat nou de Sobrànigues, ambdós jaciments situats en petites elevacions que no ultrapassen els 50 metres d'alçada.

Després d'aquesta època tenim un buit històric d'entre els segles I i IX d.de C. que només podria ésser resseguit a través d'una intensa tasca d'investigació històrica, documental i arqueològica.

La primera referència escrita que trobem del terme de Flaçà és Flociano i apareix en un document en què el levita Oliva fa una donació de terres al monestir de Santa Maria de la Grassa. Alguns autors daten aquest document del segle IX, però realment cal situar-lo cronològicament a l'any 921, al regnat de Carles el Simple. Una segona referència escrita en què apareix el nom del poble és una Butlla de l'any 1017 del Papa Benet VIII a l'abat Bonfill de Camprodon. En aquesta butlla s'esmenten les propietats del monestir de Sant Pere de Camprodon on hi ha una llista de masos entre els quals es troben els de Flassano, al comtat de Girona. Això ens evidencia que hi havia un conjunt de masos dispersos al que avui seria el terme municipal, i no fóra gens rar que en aquesta època ja existís un nucli de població concentrat al voltant de l'església de Sant Cebrià.

L'església de Sancti Cipriani de Flaciano s'esmenta per primer cop l'any 1209 en la definició i evacuació feta per Arnau de Llers al bisbe Arnau de Creixell de les extorsions que havia comès contra un bon nombre d'esglésies del bisbat. La parròquia també figura en les rationes decimarum dels anys 1279 i 1280, en la relació del Llibre verd de la seu de Girona, del 1362, i als nomenclàtors diocesans de finals del segle XIV i del segle XVII.

Sembla que a l'època medieval hi devia haver un castell. No se'n conserva cap estructura, si bé podem afirmar que es trobaria prop del nucli antic. D'aquest castell només en conservem un document. És un document de venda de la jurisdicció del castell de Flaçà i de Sant Joan de Mollet a un tal Grau Macià, que portava la data d'u d'agost de 1392 (Francesc Monsalvatge, Colección diplomática del condado de Besalú, volum V).

Des de l'època medieval fins a la història més recent tornem a trobar un altre buit documental, no perquè no hi hagi suficient documentació, sinó perquè el poble no ha estat mai objecte d'una investigació historicodocumental seriosa i acurada, és una feina que encara està per fer i que de ben segur ens amaga moltes sorpreses històriques.

Si bona part de la història del poble resta per investigar, sí que trobem una bona síntesi dels darrers 150 anys, on passen a Flaçà tres fets principals que marquen rotundament la història del poble i el seu creixement demogràfic: la construcció de la línia de ferrocarril de Barcelona a Portbou conegut popularment com el tren gros, la construcció de l'estació del carrilet o tren petit i la instal·lació en el municipi de les primeres indústries.

El tren gros. El desembre de l'any 1887 es va realitzar el primer viatge inaugural del ferrocarril que anava de Girona a Figueres i que 30 anys més tard arribaria a Portbou i la frontera amb França a Cervera. És en aquest moment que prop del nucli de la Bolla es construeix l'estació, amb totes les seves infraestructures, magatzems de transbordament, andanes, vies mortes, dipòsits d'aigua, de carbó, i veritables obres d'enginyeria com el pont sobre el riu Ter a l'alçada de can Vinyals, construït per la casa Eiffel en la seva primera fase i en una segona fase construït per la Companyia Maquinista Terrestre. Com a conseqüència d'això, Flaçà esdevé un nus de comunicacions clau per al Baix Empordà i la costa, es transporten mercaderies i evidentment passatgers i aviat Flaçà va començar-se a conèixer com l'estació de la Costa Brava. De seguida l'estació comença a convertir-se en el centre de vida del poble i la zona més moderna, i a poc a poc el nucli de la Bolla esdevé el principal motor econòmic del poble.

L'estació del tren gros va propiciar que s'instal·lés a la població una altra estació: la del tren petit, conegut altrament com a carrilet o tramvia. L'octubre de 1884 una Reial Ordre del Ministeri de Foment atorgava al senyor August Pagès Ortiz la concessió per construir un tramvia que unís Palamós amb Flaçà. August Pagès volia unir el port de Palamós amb les comarques de l'interior del país, i aviat aconseguí involucrar en el projecte una munió d'homes de negocis palamosins als quals s'afegí un grup d'accionistes belgues, coneguts popularment com "els belgues". La companyia es va constituir el 30 de novembre de 1884 amb un capital social d'un milió de pessetes i el 1885 se'n publicaren els primers estatuts. Era una obra d'enginyeria simple però econòmicament costosa i de seguida les despeses imprevistes durant els dos primers anys de construcció del tren obligaren a ampliar el capital, que ara passava a ser d'un milió set-centes mil pessetes. Aviat "els belgues" importaren el primer material de la casa Charles Frères, es compraren 22 màquines, la gran majoria de les quals s'importaren de diverses cases d'Europa, d'entre les quals cal esmentar Kraus, una famosa casa alemanya. El 23 de març de 1887 el tramvia del Baix Empordà o tren petit féu el seu primer viatge inaugural, feia un recorregut d'uns 33 quilòmetres a una velocitat d'uns quinze quilòmetres hora. L'amplada de la via era de setanta-cinc centímetres i corria pel costat de la carretera, fet que propicià desgraciats i involuntaris accidents. El vagons es dividien en vagons de primera i segona classe, amb una cabuda de catorze i setze viatgers.

Fins a l'any trenta la companyia tingué beneficis. El port de Palamós era el principal proveïdor i a Flaçà unes carretes feien el transbord de mercaderies del tren petit al tren gros. El 1935, per conveni entre els treballadors i la direcció es fundà una cooperativa que s'encarregaria d'explotar el tren, fou la COTBA, la "Cooperativa Obrera de Transportes del Bajo Ampurdán". Als inicis de la Guerra Civil, entorn de l'any 1936, el carrilet continuà prestant els seus serveis, però aviat, per problemes de combustible, destrosses a la via, sabotatges, espoli de material i altres avatars van fer impossible el servei, el qual no fou reprès fins al 1942 en què passà a les mans de l'"Explotación de Ferrocarriles por el Estado, línea de Flassà a Palamós, Gerona y Bañolas". L'Estat, amb pèrdues que cada cop més anaven en augment el deixà anar morint agònicament, a poc a poc, i el 23 de desembre de 1955 un decret del Consell de Ministres el matava definitivament.

S'enterrava un símbol empordanès i començava el procés d'oblit d'un tren i d'una obra que fou duta a terme a base de pales, de pics i de braços de gent de poble, de gent empordanesa. Un patrimoni estimat per la gent de la contrada al qual Josep Pla dedica unes paraules a l'obra El meu país: "En tot cas, el tren era el màxim progrès que hom poguès somniar. El simple fet d'haver-lo construït i fer-lo marxar denota un gust i un amor per aquest país molt gran. Si els nostres avis no haguessin fet el que feren, tot aquest racó de món hauria viscut durant molts anys en un isolament absolut. Haurà fet la generació d'ara, en algun altre aspecte, un esforç proporcional? Catalunya té massa poques obres públiques i les que té són massa pobres per a menysprear una cosa que per al seu temps fou quelcom important."

El tren gros i el tren petit van suposar un emotiu progrés per al poble de Flaçà, però la indústria, que aprofitava les infraestructures ferroviàries, també va impulsar l'economia i la demografia flaçanenques de manera considerable.

La companyia Wartheim, especialitzada en la fabricació de màquines de cosir, tenia a Flaçà una petita fàbrica on s'elaboraven les peces de fusta que necessitaven les seves màquines. Estava situada en una casa de la família Vinyals, a tocar del molí, on posteriorment s'hi instal·là una serradora. El 1942 la Wartheim construí una altra fàbrica prop de la línia de ferrocarril que portava el nom de "La Rápida" i que anys més tard passà a mans de la companyia de màquines d'escriure "Hispano-Olivetti". A "La Rápida" s'hi fabricaren les maletes on es guardaven les màquines d'escriure, però l'aparició de nous materials com el plàstic, que anunciava la mort ràpida dels manufacturats de fusta, va tocar de ple l'empresa i "La Rápida" va tancar definitivament el 1967.

El 26 de desembre de 1945 es posava en marxa la fàbrica de paper Salvador Torras Domènech, coneguda en els pobles veïns com "la fàbrica de Flaçà" i en el poble simplement per "la fàbrica". Salvador Torras Domènech i el seu germà Paulí crearen la seva primera fàbrica de paper a Bonmatí, entre Bescanó i Girona. Uns anys més tard Paulí crearia la Torras Hostench de Sarrià i entorn del 1975 aquesta instal·là als afores de Flaçà una fàbrica de manipulats de paper que porten de nom la marca Enri. Salvador Torras tingué quatre filles, tres de les quals es casaren amb importants empresaris que esdevingueren els successors de Salvador Torras Domènech en el negoci del paper, d'aquí les tres torres simbòliques que ostentaven l'anagrama d'aquesta fàbrica avui dia coneguda com Aconda. La fàbrica s'instal·lava a Flaçà per múltiples avantatges, però sobretot per l'energia elèctrica propiciada per la central de can Vinyals, per la proximitat dels ports de Palamós i Sant Feliu i per la proximitat de la frontera, tot completament comunicat a través de la carretera i de les dues línies fèrries. Aquesta fàbrica es posà en marxa amb treballadors coneixedors de l'ofici provinents de Bonmatí que s'instal·laren en una colònia de nova planta construïda a les immediateses de l'ermita de Sant Fermí. Actualment "la fàbrica" dóna feina a un gran nombre d'habitants del poble i de la contrada.

Demogràficament Flaçà no ha sigut mai un gran nucli i la seva població ha anat creixent gradualment, a poc a poc. Vers l'any 1380 es comptabilitzaven vint-i-un focs, o sigui vint-i-una famílies. El 1553 se'n comptabilitzaven 30. A partir d'aquí els censos de població que es coneixen revelen petits guanys de població, fenomen paral·lel a totes les poblacions de Catalunya malgrat les crisis generals que patí el Principat. Al segle XVIII hi ha un gran augment de població que es veu evidenciat per l'ampliació i reforma de l'església. En aquest moment es construeix l'església actual de Sant Cebrià damunt d'una antiga església romànica. Durant la segona meitat del segle XIX augmenta més la població a causa de la construcció dels dos trens, tendència demogràfica inflacionista que es veu complementada a principis del segle XX a causa de la industrialització del poble. Flaçà avui en dia encara no ha passat del miler d'habitants.

Actualment, la vida econòmica de Flaçà està representada per tres grans sectors; l'agricultura, la ramaderia i la indústria. Bona part del municipi està dedicat a l'agricultura, sobretot l'agricultura de regadiu amb el conreu d'hortalisses i cereals, però també a l'agricultura de secà amb algunes plantacions de vinya i olivera. Aquesta agricultura està complementada pel sector ramader, on la cria de bestiar boví i porcí n'és la principal activitat. La indústria és el principal motor econòmic del poble; hi ha dues fàbriques de paper, diverses empreses de material de construcció i serradores mecàniques dedicades a la fusteria.