El terme municipal de Flaçà és un dels més petits del Gironès. Ocupa una superfície de 6,67 km2 i s'estén a cavall de la serra de Vall-lloreda i la plana al·luvial que forma el riu Ter un cop travessa el pas del Congost. Al nord limita amb el riu Ter i el terme municipal de Sant Jordi Desvalls, a l'oest amb els termes municipals de Sant Joan de Mollet i Sant Martí Vell i al sud i a l'est amb els municipis de Foixà i la Pera, ambdós pertanyents ja a la comarca del Baix Empordà.

El municipi de Flaçà comprèn el nucli urbà, més conegut com el poble vell o senzillament el poble; la Bolla, on hi ha l'estació de ferrocarril de Barcelona a Portbou; la Colònia, i el veïnat de Ferreres. El poble i la Bolla estan situats a la plana, prop de les principals vies de comunicació, mentre que la Colònia i el veïnat de Ferreres es troben ja als contraforts de la serra de Vall-lloreda que separen el nucli de Flaçà del veí poble de Foixà. El punt més alt del municipi és el Puig d'en Fuselles

El terme és regat pel riu Ter i per diverses rieres de cabal pluvial que resten gairebé seques durant bona part de l'any. Cal destacar la riera de Ferreres, la riera de la Pera o de Rifós, la riera de la Bruguera i la riera de Moradell, rieres totes elles que desemboquen al riu Ter un cop han travessat bona part del municipi. A part també cal destacar la sèquia d'en Vinyals, que serveix per regar els conreus de bona part del municipi.