Cistella forma part de la comarca de l'Alt Empordà, província de Girona. El terme municipal té una extensió de 26 km2 i 130 m. d'altitud.

Els límits del terme municipal són al nord amb Terrades i Llers, a l'est amb Avinyonet de Puigventòs, al sud amb Lladó i a l'oest amb Albanyà. Té agregats els nuclis de La Mare de Déu de Vida, La Ribera de les Planes, Sant Baldiri i Vilarig.