El 9 de novembre de l'any 949 el bisbe Gotmar de Girona consagra l'església d'un nou monestir en presència dels comtes de Barcelona Borell i Miró. Entorn a aquest monestir es formarà aviat el primer nucli de la vila d'Amer.

El segle XIV és un segle de prosperitat tant pel monestir com per a la vila d'Amer que creix considerablement amb l'impuls dels abats Ferrer del Montrodon i Bernat de Vilafreser.

En canvi el segle XV fou un segle de calamitats, començant pel 15 de març de 1427 quan a les onze de la nit un fort terratrèmol destrueix l'església del monestir, el claustre, l'església de Sant Miquel i les 70 o 80 cases de la vila.
 

A més el conflicte remença s'aguditza i agreuja el malestar entre la població.

Durant els anys 60 i 70 d'aquest mateix segle, primer el príncep Carles i després el rei Joan II, concedeixen a Amer el privilegi de nombrar cònsols i consellers per la vila a més dels drets de taverna, fleca, tall de carns, pa pastat, peix, cansalada i civada. Però l'any

El 8 de novembre es firma a Amer el compromís d'arbitratge del rei Ferran el Catòlic en el conflicte remença, molta gent abandona la vila i Amer passa un dels moments més crítics de la seva història.

A la guerra dels Segadors, segle XVII, fou volada l'església de Sant Miquel, que ja no fou reconstruïda. Després amb la Guerra del Francès entre els anys 1690-1697 la vila és saquejada i incendiada. 1483 una epidèmia de pesta afegeix noves calamitats.

L'any 1835 succeeix l'exclaustració forçosa del monestir, amb incautació dels bens i documentació. L'últim abad fou Jaume de Llanza i de Valls. Amer comença una nova vida entre llums i ombres. El més trist fou que perdia la custòdia de la seva història, que quedava dispersa i alguns documents importants, definitivament perduts.